Tecrübeli ellerde önemli komplikasyonlar çok nadir görülür. Komplikasyona sebep olmamak için yeterli operasyondan kaçınmak tecrübeli cerrahların çok nadir başvurduğu bir yoldur. Ancak en tecrübeli ellerde bile, dünyanın her yerinde, belli oranlarda komplikasyonlarla karşılaşmak kaçınılmazdır.

Tiroidektomi sırasında bütün ses teli sinirlerinin (2 sağda, 2 solda) ve en az bir paratiroid bezinin korunması çok önemlidir. Bu anlamda en güvenilir teknik üst-superior sinirlerden uzak durmak, ve mümkün olan her zaman alt-inferior sinirlerin bulunup takip edilmesi ve böylece tiroid dokusunun güvenle çıkarılmasıdır.  Ayrıca genellikle üst paratiroid bezlerinden biri damarlarıyla birlikte korunur. Ameliyat esnasında önemli damarların (arter ve ven) bağlanması dikkatli bir şekilde yapılır, bu aşamalarda yüksek teknolojili  “damar mühürleme” cihazları kullanılabilir.

1-Ses sinirlerinin zedelenmesi %5 oranında geçici, %1 oranında kalıcı olur; ses kısıklığı oluşabilir fakat sesin tamamen gitmesi söz konusu değildir.

2-Parathormon düşüklüğü %10-15 oranında geçici, %3-5 oranında kalıcı olabilir, kanda kalsiyum seviyesi düşer; dışarıdan kalsiyum, vit D ve sentetik parathormon almak gerekebilir.

3-Çok daha nadiren iki taraflı ses siniri zedelenmesine bağlı solunum sıkıntısı gelişebilir.

4-Ameliyattan sonraki ilk 24 saat ameliyat boşluğuna kanama olabilir, ameliyat sırasında titiz kanama kontrolüyle çok nadiren görülür. Böyle bir durum geliştiğinde hızlı müdahale ve hematom boşaltılması çok önemlidir. Bu nedenle tiroidektomi geçiren hastalar en az 24 saat hastanede tutulmalıdır. Damar mühürleme cihazları ve bipolar koter yeterli kanama kontrolü için önemli ve yararlıdır.